Araştırma Alanları

BAKTERİYEL GENOMİKS ve BİYOİNFORMATİK

Bakterilerin genom analizleri, yeni nesil DNA dizileme teknolojileri ile ortaya çıkarılan tüm genom DNA dizileri sayesinde yapılabilmektedir. Bakteriyel genomlar, biyoinformatik analiz metotları kullanılarak detaylı olarak analiz edilebilmektedir. Bakteriyel genomiks ve biyoinformatik analiz metotları:

Fındıkta bakteriyel patojen olan Xanthomonas arboricola pathovar corylina ve Pseudomonas syringae pathovar syringae suşlarının yüksek kaliteli tüm genom DNA dizilerinin analiz edilmesinde,

Balıklarda patojen olan Pseudomonas spp. ve Lactococcus garvieae türlerinin tüm genom DNA dizilerinin analizlerinde,

Xenorhabdus ve Photorhabdus cinslerine ait bakterilerin tüm genom DNA dizilerinin karşılaştırmalı genomiks analizlerde,

Xenorhabdus ve Photorhabdus gibi antibakteriyel ve antifungal sekonder metabolitlerin doğal kaynağı olarak görülen bakterilerde sekonder metabolitleri kodlayan yeni biyosentetik gen kümelerinin (BGC) bulunmasında kullanılmaktadır.

BAKTERİYEL GENOMİKS ve BİYOİNFORMATİK KONULU PROJELERİMİZ:

Patojenik Pseudomonas türlerinin shotgun DNA dizileme ile filogenetik sınıflandırılmasının belirlenmesi (BAP)

Fındıkta bakteriyel hastalık etmenlerinin tüm genom dizilenmeleri ve biyoinformatik analizleri (TÜBİTAK)

Karadeniz alabalığı’nın (Salmo coruhensis) fry bireylerinde mortalite etmeni Pseudomonas gessardii suşlarının tüm genom dizilenmesi ve biyoinformatik analizleri (TÜBİTAK)

Lactococcus garvieae suşlarının tüm genom dizilemeleri ve genomik analizlerinin belirlenmesi (BAP)

Entomopatojen Xenorhabdus ve Photorhabdus bakteri türlerinin tüm genom dizilemeleri ve karşılaştırmalı genomik analizlerinin belirlenmesi (BAP)

BAKTERİYEL SEKONDER METABOLİTLER

Bakteriler tarafından üretilen sekonder metabolitler biyosentetik gen kümeleri (BGC) tarafından kodlanmaktadır. Yeni sekonder metabolitlerin geleneksel metotlarla keşfi, çoğu BGC’nin laboratuvar koşullarında zayıf bir şekilde ifade edilmesinden ötürü mümkün olmamaktadır. Ancak, yeni nesil DNA dizileme teknolojileri ve biyoinformatik metotlar sayesinde yeni BGC’lerin keşfi daha hızlı ve yüksek verimlilikle gerçekleşmektedir. Yeni nesil DNA dizileme teknolojileri ve biyoinformatik analizler:

Doğal biyoaktif bileşiklerin kaynağı olarak görülen entomopatojen Xenorhabdus ve Photorhabdus cinslerine ait bakterilerin antimikrobiyal ve antifungal özellikteki yeni sekonder metabolit kodlayan BGC’lerin bulunmasında,

Bal arılarında Amerikan yavru çürüklüğü hastalığına neden olan ve bazı önemli sekonder metabolitlerin kaynağı olarak görülen Paenibacillus larvae bakterisinin biyolojik veri bankalarında bulunan tüm genom DNA dizilemelerinin derin öğrenme algoritması ile yeni BGC’lerin bulunmasında kullanılmaktadır.

BAKTERİYEL SEKONDER METABOLİTLER KONULU PROJELERİMİZ:

Entomopatojen Xenorhabdus ve Photorhabdus bakterilerinde sekonder metabolitlerin genomik yaklaşım ve biyoinformatik analizler ile belirlenmesi (TÜBİTAK)

Entomopatojen Xenorhabdus nematophila Düz-14 suşunun shotgun DNA dizileme ile sekonder metabolitlerinin belirlenmesi (TÜBİTAK)

Derin öğrenme genom madenciliği stratejisi ile Paenibacillus larvae‘nin sekonder metabolitlerinin belirlenmesi (Bitirme Çalışması)